উইং ৩টি : বীজ প্রত্যয়ন এজেন্সীতে ৩টি উইং রয়েছে-
ক) প্রশাসন ও অর্থ উইং
খ) মাঠ প্রশাসন, পরিকল্পনা ও মনিটরিং উইং
গ) সীড রেগুলেশন ও মান নিয়ন্ত্রণ উইং
কেন্দ্রীয় বীজপরীক্ষাগার: ১টি কেন্দ্রীয় বীজপরীক্ষাগার, ৭টি বিভাগে আঞ্চলিক বীজ প্রত্যয়ন কর্মকর্তার অধীনে ১টি করে মোট ৭টি আঞ্চলিক বীজ পরীক্ষাগার ও ২৫টি জেলায় জেলা বীজ প্রত্যয়ন অফিসারের কার্যালয়ে স্থাপিত ২৫টি মিনি বীজ পরীক্ষাগার আছে।
আঞ্চলিক বীজ প্রত্যয়ন অফিস : ৭ টি (ঢাকা, চট্রগ্রাম, রাজশাহী, বরিশাল, সিলেট, খুলনা ও রংপুর)
জেলা বীজ প্রত্যয়ন অফিস : ৬৪ টি জেলা
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস